洞穴内を地下川が流れていることも多い。
迷路状になった地下川の流向や流域内の流量を正しく求めることはきわめて困難であるが、1970年代以降、アイソトープなどを用いて、石灰岩地域の地下水系を明らかにしようとする研究も進んできた。
洞穴内の水質は流量や水温、天井の厚さとか地表の植生などに支配され、かならずしも一定ではないが、一般的にカルシウム硬度に起因しての総硬度、蒸発残留物、pHなどがきわめて高く、飲料水には適さない。
特に人間が通ることのできる程度以上のものを指すことが多い。
洞穴とも言う。
自然科学的な用語としては洞穴の方が使われる。
崖にできた横穴や地下にできた縦穴など。
内部の気温は、一般に洞窟がある外部の平均気温になり、内部は外部と較べると夏は涼しく・冬は暖かい。また地中であることも含め、一般に湿度が高い。
人間が通過可能な穴であれば洞窟と呼ばれ、水中にある水中洞窟や水が湧き出る泉の中も洞窟になる。
自然にできた鍾乳洞や溶岩洞、海食洞などだけではなく、過去に人間によって掘られた穴を含むことがある。
洞窟は古くから人間に利用された。文明が発達する以前から、天然の洞窟は往々にしてヒトの住居となっていた。主として洞口に休息の場を求めたと考えられる。

